誘導突變
在自然條件下，突變進化是非常緩慢的，而透過誘導突變，利用物理或化學等因素，如U.V.、X-ray照射或NTG誘變劑，誘導DNA發生改變，加速微生物遺傳物質變異，在短時間內獲得具有利用價值之突變株。麩胺酸棒狀桿菌經紫外線誘導突變，有的可產生離胺酸，有的可產生絲胺酸，增加產品的種類。
菌種雜交
是指不同種類，不同基因型之微生物進行雜交，使其後代透過不斷的與母株反覆回交，以獲得良好風味且安定性高生產用的菌種。酵母菌透過菌種雜交，可提高凝集性，釀酒過程中酵母菌易凝集而沉降以加速固液分離。
培養篩選
許多釀酒工業所使用的酵母菌，多是經過持續篩選而得的，在特定的培養條件下，建立明確且簡單的篩選標幟，是成功篩選的關鍵。無泡清酒酵母菌和耐酒精酵母菌，都是成功的培養篩選菌株。
原生質體融合
利用融合劑PEG或電廠誘導，使除去細胞壁的菌體相互融合，伴隨著DNA重組的發生，而獲得新的遺傳重組的菌株。
遺傳工程
以遺傳工程DNA重組技術，創造微生物新的機能，使微生物生產自身不能合成的物質，或增強它原有的合成能力。遺傳工程緣起於1970年代，胰島素是第一個利用遺傳工程DNA重組技術以細菌生產並商業化之產品。目前胺基酸、維生素、抗生素、有機酸、多糖、酵素等物質，多是利用遺傳工程DNA重組微生物生產。
基因編輯
基因編輯技術以CRISPR-Cas9技術最為著名，不僅操作簡化且經費相對便宜，更重要的是能精準且有效的編輯目標基因，2020年諾貝爾化學獎頒給發現CRISPR-Cas9的兩位女科學家，2016年美國賓州州立大學的植物病理學家楊亦農教授，就利用CRISPR-Cas9技術應用在雙孢蘑菇(Agaricus bisporus)上，剔除導致褐化的多酚氧化酵素基因，以達到抗褐化的目的。